Baptisti chápu cirkev ako spoločenstvo veriacich pri Večeri Pánovej, spoločenstvo veriacich praktizujúce krst.
Baptisti chápu, že cirkev pozostáva z veriacich, ktorí sa zaviazali Bohu a jeden druhému spoločne oslavovať a pracovať pre Pána. Veria, že patria k vyvolenému Božiemu ľudu a že kdekoľvek sa zhromaždia v Jeho mene, tvoria časť viditeľného tela Kristovho. K tomuto sa hlásia osobným a dobrovoľným vyznaním viery. Preto sa ako spoločenstvo veriacich zhromažďujú sláviť Večeru Pánovu, kde prijímajú pod obojím spôsobom chlieb i víno. Veria, že okolo stola Pánovho sú v spoločenstve s celým Telom Ježiša Krista – cirkvou na celom svete.
Do širšieho zborového spoločenstva vítajú aj iných, ktorí sa ešte nestali členmi zboru, zvlášť deti. Narodenie detí chápu ako Boží dar, za ktorý Bohu ďakujú a prosia o Jeho požehnanie pre ne. Sú presvedčení, že spasenie detí nie je viazané na krstný akt. Deti v zbore zverujú systematickému zborovému vyučovaniu a snažia sa ich viesť ku Kristovi. Robia tak v nádeji, že Pán má pre každého príhodný čas, aby v pokání prišiel k osobnej viere v Boha a znovuzrodením sa stal Jeho dieťaťom. Krst je následným vyznaním tejto Božej premeny človeka a býva spravidla momentom vstupu do cirkvi.
Baptisti učia, že krst sa v Novej Zmluve a prvotnej cirkvi praktizoval ponorením do vody a krstenec bol krstený v meno Boha Otca i Syna i Ducha Svätého. Viera predchádza krst. V krste ako akte poslušnosti Pánovi stretáva sa ľudská viera s milosťou Božou. Krst je následným a vonkajším prejavom tajomstva, že v znovuzrodení sa človek zúčastňuje na Kristovej smrti a vzkriesení a vyjadruje to ponorením do vody. Z týchto dôvodov baptisti nekrstia nemluvniatka. Zbory trvajú na tom, že tí, ktorí sú prijímaní do cirkvi, musia byť najprv pokrstení ponorením ako veriaci. Veria, že novozmluvné praktizovanie krstu veriacich je dôležité pre správne chápanie podstaty viery, cirkvi a učeníctva.
Členovia Bratskej jednoty baptistov sa zhromažďujú v zborovom spoločenstve, aby pod autoritou Písma Svätého riešili a zabezpečovali všetky duchovné aj praktické veci na Kristovu oslavu. Všetky zásadné rozhodnutia, týkajúce sa každej oblasti zborového života, sa robia na základe všeobecného súhlasu. Zatiaľ najosvedčenejšia forma, ktorú baptisti praktizujú, je demokratické hlasovanie, ktorého cieľ a zmysel vnímajú nie ako víťazstvo tej či onej skupiny, ale ako proces poznávania Kristovho plánu pre zbor. Hoci miestny zbor je ekleziologicky samostatnou jednotkou, uvedomuje si svoju vnútornú spojitosť s ostatnými zbormi BJB, ktorej základným cieľom je nájsť Kristovu jednotu (v zmysle Ján 17). Preto každý zbor je otvorený k názorom iných zborov.
Od začiatku svojej histórie hľadali miestne baptistické zbory spoločenstvo s inými zbormi za účelom vzájomného povzbudenia, vedenia, zdieľania sa i obecenstva ako znamenie zmierenia pre svet. Baptistické zbory vytvárajú miestne či regionálne združenia a do jednoty zborov sa združujú na úrovni národného zväzu. Bratská jednota baptistov a jej členské zbory sa podieľajú na rôznorodých ekumenických partnerstvách, sú činní v ich výkonných grémiách a spolupracujú v národných i medzinárodných radách.